Junto al cultivo Bt, en una porción del lote se crea un refugio, donde se siembra un híbrido no Bt con un ciclo de madurez semejante. El refugio cumple la función de reserva de insectos
susceptibles al cultivo Bt, que al cruzarse con aquellos que hayan generado resistencia a las proteínas Bt crean descendencia susceptible.
Si el número de insectos resistentes aumenta, el cultivo Bt pierde eficiencia de control y así pierde sus
beneficios. Sin refugio, los insectos resistentes se cruzarían entre sí, lo que concluiría rápidamente en
una población con una alta tasa de resistencia. Si la población de insectos resistentes crece, se pierde
la eficiencia del control y los beneficios de los cultivos Bt.
Es esencial para el cuidado del cultivo designar un área donde se desarrollen insectos susceptibles
para que aumente la posibilidad de cruzarse con los que hayan generado resistencia y así crear una
descendencia susceptible al cultivo Bt.
